O Percurso Monumental e a Exposição Permanente do Museu de Aveiro constituem um circuito de visita em que as duas partes se complementam.
Iniciando o Percurso Monumental são mostrados os espaços conventuais, uma vez que as áreas consideradas privadas desapareceram, por motivo de obras de ampliação, melhoramentos e enriquecimento artístico, com excepção de alguma presença das cozinhas (onde se encontra hoje a cafetaria).
Neste mesmo piso, encontramos ainda a Igreja de Jesus e o claustro (capelas, sala do capítulo e refeitório).
Para aceder ao coro alto, no piso superior, a passagem faz-se pelo claustro.
Visitando a Exposição Permanente, nela se encontram a Sala de Lavor (Capela Memorial da Princesa Santa Joana) e a Capela dos Senhor dos Passos. As colecções do Museu de Aveiro, na sua grande maioria, são de arte sacra (englobam obras do Convento de Jesus, de conventos de Lisboa e de Coimbra e ainda, de outros conventos da zona de Aveiro).
A primeira parte da Exposição é dedicada ao culto religioso da Princesa Santa Joana; a 12 de Maio, quando se comemora a data da sua morte, as imagens e as relíquias saem em procissão. A apresentação das colecções é seguida por uma ordem cronológica (do século XV ao XIX).
Este percurso inclui a apresentação de salas temáticas (colecções de livros, de documentos, de ourivesaria e de têxteis).